AMEA Naxçıvan Bölməsinin Tarix, Etnoqrafiya və Arxeologiya İnstitutu ümummilli lider Heydər Əliyevin 7 avqust 2002-ci il tarixdə imzaladığı Sərəncama əsasən yaradılmışdır. Yeddi elmi şöbəninvə “Xalçaşünaslıq” sektorunun fəaliyyət göstərdiyi institutda 1 nəfər AMЕA-nın həqiqi üzvü, 2 nəfər AMЕA-nın müxbir üzvü, və 6-sı dosent olmaqla 9 nəfər fəlsəfə doktoru, ümumilikdə 17 əməkdaş еlmi tədqiqatla məşğuldur.