Elmin inkişafını daim diqqət mərkəzində saxlayan ulu öndər Heydər Əliyev Naxçıvan Muxtar Respublikasının geosiyasi vəziyyətini nəzərə alaraq 2002-ci il avqustun 7-də Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının Naxçıvan Bölməsinin yaradılması haqqında tarixi sərəncam imzalamışdır. Qeyd olunan sərəncama müvafiq olaraq, AMEA Naxçıvan Bölməsində 6 elmi tədqiqat institutu – Tarix, Etnoqrafiya və Arxeologiya İnstitutu, İncəsənət, Dil və Ədəbiyyat İnstitutu, Təbii Ehtiyatlar İnstitutu, Bioresurslar İnstitutu, Batabat Astrofizika Rəsədxanası və Əlyazmalar Fondu yaradılmışdır.
2003-cü ildə AMEA Naxçıvan Bölməsinin Rəyasət Heyəti, Tarix, Etnoqrafiya və Arxeologiya İnstitutu, İncəsənət, Dil və Ədəbiyyat İnstitutu üçün, 2004-cü ildə isə Təbii Ehtiyatlar İnstitutu, Batabat Astrofizika Rəsədxanası, Əlyazmalar Fondu, Nəşriyyat və Elmi Kitabxana üçün bina ayrılmış və müasir tələblər səviyyəsində yenidən qurularaq təmir edilmişdir. 2005-ci ildə Bölmənin Bioresurslar İnstitutunun müasir tələblərə cavab verən binası, 2010-cu ildə isə İnstitutun Biokimyəvi Tədqiqatlar laboratoriyasının binası istifadəyə verilmişdir.
2005-ci ildə Bölmənin nəşriyyatı fəaliyyətə başlamış və ilk olaraq Gəmiqaya ilə bağlı xüsusi nömrə çapdan çıxmışdır. Ötən dövr ərzində bölmənin iki seriyada nəşr olunan “Elmi əsərlər” (əvvəlcə “Xəbərlər” adı ilə) jurnalının 68, “Axtarışlar” jurnalının isə 41 nömrəsi işıq üzü görmüşdür.
Bölmədə Naxçıvanın tarixi, etnoqrafiyası, arxeologiyası, ədəbi mühiti, folkloru, biomüxtəlifliyi, təbii ehtiyatlarının araşdırılmasında elmi istiqamətlər müəyyən edilmiş, müvafiq profillərə uyğun elmi-tədqiqat işləri yerinə yetirilərək mühüm nəticələr əldə olunmuşdur. İki cildlik “Naxçıvan ensiklopediyası”, “Naxçıvan abidələri ensiklopediyası”, “Naxçıvan tarixi atlası”, üç cildlik “Naxçıvan tarixi”, “Naxçıvan teatrının salnaməsi”, üç cildlik “Naxçıvanın folkloru antologiyası”, iki cildlik Naxçıvan Muxtar Respublikasının “Qırmızı kitabı”, “Naxçıvan Muxtar Respublikasının ampeloqrafiyası”, “Naxçıvan Muxtar Respublikasının dərman bitkiləri”, “Naxçıvan Muxtar Respublikasının təbii sərvətləri: hazırki vəziyyəti və perspektivləri”, “Naxçıvan Muxtar Respublikasının fövqəladə hallar atlası”, “Dədə Qorqud yurdu-Naxçıvan” tarixi-coğrafi və etnoqrafik atlas (üç dildə), “Naxçıvan coğrafiyası” (iki cilddə) kimi fundamental nəşrlər işıq üzü görmüşdür. Ümumiyyətlə, Bölmənin fəaliyyəti dövründə əməkdaşların 252 monoqrafiyası, 235 kitabı, 30 metodik vəsaiti, 6 dərs vəsaiti, 9725 elmi məqaləsi, 233 tezisi, 25 atlas və xəritəsi, ümumilikdə 10489 elmi əsəri çap olunmuşdur, . Bölmə əməkdaşları 5 tövsiyə, 54 buklet hazırlamış, 38 patent almışlar. Əsərlərdən 28 monoqrafiya, 19 kitab, 2073 məqalə, 84 tezis xarici ölkə nəşrlərində çapdan çıxmış, 90 məqalə yüksək impakt faktorlu jurnallarda, 650-ə yaxın məqalə isə beynəlxalq kodlu elmi jurnallarda işıq üzü görmüşdür. Bölmə əməkdaşları 4-ü beynəlxalq olmaqla 23 qrant layihəsinin qalibi olmuşlar. AMEA-nın Naxçıvan Bölməsində fəaliyyət göstərən Dissertasiya Şuralarında 17 nəfər elmlər doktoru, 98 nəfər fəlsəfə doktoru elmi dərəcə almaq üçün müdafiə etmişlər.
AMEA Naxçıvan Bölməsində 98 nəfər işləyir ki, bunların da 37 nəfəri elmi işçidir. Elmi işçilər arasında 1 akademik, 3 müxbir üzv, 2 elmlər doktoru, 21 fəlsəfə doktoru, doktorant və dissertantlar vardır.
