Qədim əlyazma və əski çap kitablarına gigiyenik xidmət göstərilmiş və əksəriyyəti bərpa edilmişdir. Bu prossesdən sonar onların elmi cəhətdən öyrənilməsinə əlverişli imkan yaranmışdır. Fondda qorunan 150-dən çox çap kitabı cildlənmiş, bəzi kitabların pərakəndə düşən vərəqləri qaydaya salınmış, üzərinə kitabın adı, müəllifi, dili və yazıldığı tarix haqqında məlumatlar yerləşdirilmişdir. Naxçıvan ərazisindən toplanılan bəzi əlyazma və əski çap kitabları tədqiqata cəlb edilmiş, onların bəzilərinin mətnləri transliterasiya edilərək çap etdirilmişdir. 2017-ci ildən fəaliyyətə başlayan şöbədə (2020-ci ilin aprel ayından laboratoriyaya çevrilmişdir) tədqiqat işlərinin nəticələri ardıcıl olaraq kitab, elmi jurnal və konfrans materiallarında çap olunmuşdur.

1. Fərman Xəlilov. Naxçıvanın elmi, ədəbi və mədəni mühiti: tədqiqlər. I kitab. Naxçıvan, Əcəmi, 2017, 248 s.
2. Fərman Xəlilov. Naxçıvan ədəbi mühitinin yetirməsi: Seyid Səbri. Naxçıvan: Əcəmi, 2018, 264 s.
3. Farsdilli əlyazmalar və əski çap kitabları kataloqu. Naxçıvan: Tusi, 2018, 120 s. (Tərtibçi: Fərman Xəlilov və Fəxrəddin Eylazov)
4. Fərman Xəlilov. Naxçıvanın elmi, ədəbi və mədəni mühiti: tədqiqlər. İkinci kitab. Naxçıvan: Əcəmi NPB, 2019, 200 s.
5. Fərman Xəlilov. Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Naxçıvan Bölməsi Əlyazmalar Fondu. Naxçıvan: Əcəmi NPB, 2019, 64 s.
6. Türkdilli əlyazma və çap kitablarının kataloqu. Naxçıvan: Əcəmi NPB, 2019, 104 s. (Tərtibçi: Fərman Xəlilov)
7. Fərman Xəlilov. Məmmədhüseyn Təhmasibin bir əlyazmasının izi ilə / Məmmədhüseyn Təhmasib: taleyi və sənəti. Naxçıvan: Əcəmi, 2017, s. 47-55.
8. Fərman Xəlilov. Qiymətli əlyazmalar // Cənubi Azərbaycan ədəbiyyatı: tədqiqlər. Dördüncü kitab. Bakı: “Ulu” İKF, 2017, s. 50-59.
9. Kübra Vəliyeva. Kərbəlayi Kazım İbn Kərbəlayi Ağa Saleh Ordubadi və onun “Sərfi-Mir” əlyazması haqqında ilk söz // AMEA Naxçıvan Bölməsinin Axtarışları (İncəsənət, Dil və ədəbiyyat seriyası). 2018, cild 8, № 1, s. 61-64.
10. Kübra Vəliyeva. Kərbəlayi Kazım Ordubadinin “Sərfi-Mir” əlyazması haqqında // Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası, Məhəmməd Füzuli adına Əlyazmalar İnstitutunun Elmi Əsərləri. 2018, cild 7, № 2, s. 46-53.
11. Kübra Vəliyeva. Kərbəlayi Kazım Ordubadinin “Avamil” əlyazmasının paleoqrafik xüsusiyyətləri və elmi əhəmiyyəti // AMEA Naxçıvan Bölməsinin Elmi əsərləri (ictimai və humanitar elmlər seriyası). 2020, cild 16, № 1, s. 174-178.